В далекой Антарктиде живут пингвины Адели. Раз в году они отыскивают самые красивые камешки и дарят их своим возлюбленным. Если самка принимает подаренный ей камешек, то она становится женой пингвина.
Один из пингвинов по имени Хьюби, очень неуклюжий и застенчивый, влюблен в красавицу Марину, но боится даже заговорить с ней. Именно для нее он хочет найти самый красивый камешек в мире. Один раз Хьюго, оступившись, кубырем скатывается с горы прямо на Марину. Она весело, но дружелюбно смеется неуклюжести Хьюго, который ей тоже нравится. Марина и Хьюго начинают часто проводить время вместе. Но на Марине хочет жениться еще один пингвин – злой и коварный Дрейк.
Приходит день, когда нужно искать камешки. Хьюго старается изо всех сил, но красивые камешки прямо из-под его носа уводят другие пингвины. Уже наступают сумерки, а заветный камешек так и не найден. Вдруг прямо с неба возле Хьюго падает метеорит, и на снегу оказывается переливающийся зеленый кристаллик. Обрадованный Хьюго хватает камешек и со всех ног бежит к Марине, чтобы подарить его ей. Но на его пути встает Дрейк. Он пытается отобрать у Хьюго кристаллик, а когда ничего не выходит, сталкивает пингвина в воду, где как раз в это время охотится голодный морской котик.
Убегая от хищных зубов котика, Хьюго все дальше и дальше удаляется от дома. В какой-то момент он теряет сознание, а очнувшись, видит себя в клетке на корабле, который все дальше увозит его от Марины. А ведь если через десять дней она не сделает свой выбор, то ее прогонят прочь с родного «птичьего базара». Хьюго понимает, что должен вырваться на свободу и спешить на помощь к Марине. В это время в компанию пленников добавляют еще бойкого и задиристого пингвина Рокко. Рокко собирается бежать, а Хьюго уговаривает взять его с собой. Придумав и реализовав хитрый план, оба пингвина оказываются на свободе, но добравшись до берега, видят, что оказались на солнечном Таити.
Здесь начинается самая увлекательная часть приключений мультфильма "Хрусталик и пингвин". Хьюго уговаривает Рокко плыть вместе с ним в Антарктиду. Оказывается, у Рокко есть заветная мечта – он хочет научиться летать, что совершенно невозможно для пингвина. Тогда Хьюго придумывает историю, что в его стае тоже один пингвин по имени Вальда мечтает о полетах и уже добился в этом деле заметных успехов. Рокки очень хочется познакомиться с Вальдой и отправляется в Антарктиду вместе с Хьюго.
По пути их подстерегает множество опасностей, но пингвины выручают друг друга из беды. А Рокки даже успевает обучать Хьюго искусству боя, чтобы тот мог отстоять в поединке с Дрейком свою Марину. Но однажды, когда на друзей нападает целая стая голодных китов-убийц, Хьюго теряет Рокко из вида, а вместе с ним теряется и заветный зеленый кристалл.
Добравшись до своего дома, Хьюго видит, что Дрейк, так и не добившись согласия Марины, похищает ее и хочет заставить силой выйти за него замуж. Хьюго вступает с Дрейком в поединок. Но Дрейк намного сильнее, он с легкостью отшвыривает Хьюго и продолжает уносить Марину все дальше и дальше. Хьюго понимает, что он может лишиться самого дорогого в своей жизни, это придает ему сил. Он догоняет Дрейка, отбивает у него Марину, а самого Дрейка швыряет в пропасть. Марина кидается на шею Хьюго и целует его. Тут из воды выпрыгивает целый и невредимый Рокко. Он возвращает Хьюго потерянный зеленый хрусталик. Хьюго дарит заветный камушек Марине, они женятся и живут свой пингвиний век долго и счастливо.
