Однажды главный персонаж мультфильма "Балто 3: Крылья перемен" увидел в небе необыкновенную вещь – летящий почтовый самолет. Балто начал искренне восхищаться этой необыкновенной железной птицей и ее пилотом Дюком. Пес очень очарован самолетом и только и мечтает, что полетать на нем. Одновременно с восхищением у Балто возникает и страх: самолет легко может забрать у ездовых собак работу на почте, так как он гораздо быстрее ее доставляет. Жители Нома решают провести небольшие соревнования: самолет и собачья упряжка должны будут на скорость доставить почту в контрольный пункт и обратно. Своим лидером почтовые псы выбирают Балто. В это же время у гуся Бориса завязываются романтические отношения с гусыней Стеллой, однако Борис боится сознаться своей избраннице в том, что он панически боится летать. После того, как Стелла узнает правду, Борис прячется в мешок с почтой и улетает вместе с Дюком. Однако на обратном пути самолет разбивается в лесу.
Псы приходят с почтой ферме и ликованию Балто нет предела, ведь они доказали свое превосходство над летающим самолетом. Однако скоро пес начинает понимать, что с Дюком явно случилась беда. Балто решает идти спасть пилота, однако остальные псы от такой миссии отказались, мотивируя тем, что самолет чуть было не отнял их работу. Герой не настаивает и отправляется в путь только с медвежатами Маком и Лаком и гусыней Стеллой. Им предстоит обшарить все окрестные горы и леса в поисках упавшего самолета, невзирая на опасности, которые могут подстерегать компанию в диких местах. В это время Дженна разговаривает с Коди и убеждает его и остальных собак помочь Балто. И помощь эта придется ему даже очень кстати, ведь одному доставить человека ему будет не под силу.
